Outils

Photo de chercheurs en laboratoires

Le GIRCI privilégie des actions structurantes pour promouvoir la recherche et l’innovation dans l’interrégion. La mise en œuvre par le GIRCI Grand Ouest d’une politique scientifique et d’innovation commune des établissements d’HUGO répond à une exigence d’amélioration de la compétitivité de chacun de ses membres pour une meilleure visibilité de l’ensemble.
Cela passe par la structuration et le maillage des activités d’investigation clinique, via notamment la mutualisation d’outils sur le territoire du GIRCI Grand Ouest.

CTAD-PEPI

Centre de Traitement et d'Analyse de Données en Pharmaco-Epidémiologie

Établissement coordonnateur : CHU Rennes

Responsable : Emmanuel OGER

Financement : AO GIRCI 2011 et 2013

Cet outil vise à exploiter au mieux les données contenues dans le Système National d’Information Inter-Régime de l’Assurance Maladie (SNIIR-AM).
Il permet un soutien technique via mutualisation d’une infrastructure informatique adaptée, la mise à disposition d'une expertise informatique, statistique, pharmacologique, pharmaceutique et pharmaco-épidémiologique dans le traitement et l'analyse des données du SNIIR-AM ainsi qu’une aide méthodologique dans la conception du projet ayant recours au Système National d’Information Inter-Régime de l’Assurance Maladie (SNIIR-AM).

Ce soutien technique et cette expertise sont des arguments de faisabilité qui renforce la crédibilité d’un projet dans le cadre d’une réponse à un appel d’offres. D’ailleurs, de nombreux projets ont vu le jour depuis la mise en place de cet outils : succès à l’appel à candidatures « plateforme en pharmaco-épidémiologie » de l’ANSM en 2014 ; rapport COMBI-FIX (AAP ANSM 2012) pour l’ANSM en 2014 ; communication orale GENEPI (PHRC 2011) : EACPT 2014 et 2015 ; publication de GENEPI dans Pharmacoepidemiol Drug Safety en 2015…

E-PINUT

Phénotypage standardisé de la dénutrition de l'enfant sur internet dans la région Grand-Ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Poitiers
Responsable : Régis HANKARD (Service de Pédiatrie multidisciplinaire)
Animateur : Arnaud DE LUCA
Financement : AO GIRCI 2011

Coordonné par le réseau d’investigateurs HUGOPEREN, e-PINUT est un outil d'aide au diagnostic de la dénutrition chez l’enfant hospitalisé accessible par internet. Un formulaire informatique permettant de développer une démarche standardisée anonyme du diagnostic de la dénutrition est mis à disposition sur www.epinut.fr.

Grâce à l’outil e-PINUT, les enquêtes annuelles d’évaluation de l’état nutritionnel chez les enfants hospitalisés ont pu devenir un événement international de grande ampleur avec plus de 2000 patients inclus par an dans plus de 70 centres et 9 pays. Les trois-quarts des centres participants ont rapporté que l’enquête permet de sensibiliser les équipes et de promouvoir le dépistage de la dénutrition.

e-PINUT a également permis de former des étudiants par et à la recherche : 1 Thèse d’Université, 1 M2R, 2 M1, 1 DESC, 3 DES, 2 Thèses de Médecine, 3 DIU. e-PINUT a donné lieu à plusieurs publications (de Luca et al., Arch Pediatr ; Sissaoui et al., e-SPEN).

Accéder au site EPINUT

E-RADIOPHAR

Bases de données spécifiques aux radiopharmaceutiques expérimentaux utilisable sous forme d'e-CRF pour les études cliniques de médecine nucléaire
Établissement coordonateur : CHU Nantes
Responsable : Alain FAIVRE-CHAUVET
Financement : AAP GIRCI 2015

La filière des radiopharmaceutiques évolue dans un environnement régional d’excellence avec une reconnaissance par la réussite à des AO structurants dont la finalité de ces projets est le développement de radiopharmaceutiques innovants et leur transfert en clinique pour le diagnostic par imagerie moléculaire (TEP: tomographie par émission de positons) en neurologie et en oncologie, et pour la thérapie du cancer par radiothérapie moléculaire (Labex IRON, DHU Oncogreffe, Equipex ARRONAX PLUS…)
L’objectif du projet est de mettre en place un outil de référence pour la réalisation de radiopharmaceutiques utilisés dans les essais cliniques de médecine nucléaire en encadrant et sécurisant les calculs et les préparations, en suivant, traçant les interventions, en collectant les informations patients, et en effectuant un contrôle qualité.

Cet outil, en cours de développement, répondra aux caractéristiques suivantes :
Outil collaboratif : tous les utilisateurs travailleront sur une même base de données ;
Outil accessible : en s’appuyant sur les technologies du Web, l’application pourra être utilisée depuis les établissements du GIRCI GO mais aussi depuis les centres associés ;
Outil sécurisé : l’accès à l’application se fera via une authentification sécurisée et un système d’audit-trail permettant de tracer les opérations effectuées.

Le logiciel développé sera innovant et valorisable au niveau national et international.

EASYDORE

Logiciel complet de gestion technico-administrative et financière de la recherche
Établissement coordonnateur : CHU de Nantes
Responsable : Marie LEBIGRE

Un outil unique pour la gestion quotidienne projets recherche et des ressources nécessaires pour les conduire.

La Recherche Clinique en milieu hospitalier nécessite un suivi à la fois global et détaillé des données administratives, financières, budgétaires et de gestion du personnel. La gestion d’un nombre croissant de protocoles et la volonté de suivre au plus près les comptes recherche, conduisent à l’utilisation d’un progiciel dédié. Pensé par la Direction Recherche (DRCI) du CHU de NANTES, où il est en production depuis 2009, EASYDORE® accompagne les professionnels des établissements de santé dans la gestion quotidienne des budgets et projets de recherche.

Les objectifs d’EASYDORE®
informatiser le process de recherche clinique,
disposer d’une seule base de données pour gérer tous les aspects de la recherche : gestion technico-réglementaire, financière, RH, opérationnelle (investigation),
sécuriser les données, notamment financières (objectif de certification des comptes),
mieux évaluer les coûts de la recherche, automatiser la facturation, et ainsi optimiser les recettes de prestation,
partager les données pour tous les intervenants grâce à un logiciel unique, ergonomique, utilisable au quotidien, accessible facilement (application web),
permettre l’exploitation rapide des données grâce aux fonctionnalités de la Business Intelligence permettant du requêtage à la carte,
permettre un véritable pilotage de l’activité recherche de l’établissement.
Le périmètre fonctionnel d’EASYDORE®

EASYDORE® couvre la gestion financière et la gestion du personnel et comprend un module technico-réglementaire permettant de gérer tout type d’étude (toute promotion, interventionnelle ou non) et tout type de programme (plate-forme, structure etc…).

Un module investigation permet aux équipes d’investigation sur le terrain de suivre les patients inclus dans les essais cliniques (suivi des visites, des actes réalisés), et à la direction de la recherche de facturer les surcoûts aux promoteurs.

EASYDORE® contient également des alarmes permettant aux gestionnaires un suivi quotidien des projets ainsi qu’une gestion documentaire autorisant la mise en ligne et le partage des documents importants de l’étude.

De nombreuses interfaces permettent à EASYDORE® de communiquer avec d’autres bases de données métier : annuaire SIR pour la gestion des accès investigateurs, e-CRF pour les inclusions, logiciel financier pour les commandes et factures, logiciel RH pour l’import des salaires du personnel recherche…

Depuis 2018, Easydore propose des fonctionnalités adaptées au fonctionnement des centres hospitaliers (CH) et des groupements hospitaliers de territoire (GHT).

EASYDORE® est une application « web » dont les composants sont issus de l’open-source. Étant très souple, adaptable et modulaire il s’adapte aux besoins de chaque établissement.

Le Club utilisateur EASYDORE®

EASYDORE® est aujourd’hui utilisé par 22 d’établissements de santé parmi les plus importants en matière de recherche. 18 CHU sont équipés, mais également des centres hospitaliers et centres de lutte contre le cancer.

Les utilisateurs d’EASYDORE® se sont organisés en une communauté, le « club utilisateur EASYDORE® ». Le club utilisateur, d’abord consultatif, est aujourd’hui décisionnaire ; chaque membre actif cotise et vote les prochaines évolutions du logiciel qui bénéficie ainsi d’une gouvernance collégiale et nationale.

ELLIPS PHARMA

Outil de gestion des produits expérimentaux (médicaments, dispositifs médicaux, alicaments…)
Établissement coordonnateur : CHU de Nantes
Responsable : Laurent FLET
Animateur : Maxime PARE
Financement : AO GIRCI 2011

ELIPS'Pharma, logiciel de gestion pharmaceutique des essais cliniques, propriété du CHU de Nantes est mis à disposition à titre gracieux par le biais d’une mise en open source. Il a initialement été financé par le CeNGEPS (2009), puis par le CHU de Nantes et le GIRCI GO (AAP 2011), ce qui a permis son déploiement dans le CHU et les CH de l’interrégion.

Une nouvelle version de l’application a pu être développée.
Par ailleurs, une interface avec le logiciel EASYDORE est développée, destinée à éviter les ressaisies des données administratives des études et à permettre à EASYDORE de colliger les données d’activité de la gestion des produits expérimentaux, dans un but de facturation des surcoûts pharmaceutiques.

HUGO CNV

Plateforme Génome UP – Copy Number Variations
Établissement coordonnateur : CHU de Poitiers
Coordonnateurs : Dr Frédéric BILAN, Pr Alain KITZIS (Laboratoire de Génétique Cellulaire et Moléculaire)
Financement : AO GIRCI 2011

La mission principale d’HUGO-CNV est le partage au sein du Grand Ouest d’une banque de données répertoriant les CNV (copy Number Variations) isolés par Analyse Chromosomique sur Puce à ADN chez les patients atteints de retard mental et/ou anomalies du développement. Cette base de données devrait permettre d’améliorer le diagnostic et de mettre en évidence de nouveaux gènes utiles au développement.

2015-2018 Développement d’HUGO-CNV 3.0 en partenariat avec le laboratoire LIAS (Laboratoire d'Informatique et d'Automatique pour les Systèmes) en utilisant des technologies informatiques innovantes basées sur les ontologies. Cette refonte d’HUGO-CNV qui s’inscrit dans un projet de thèse d’Université, devrait permettre d’être élargie au-delà du Grand Ouest et d’être interconnectée avec d’autres bases de variants.

HUGO-CNV c’est : 750 patients annotés phénotypiquement, 2714 CNV reconnus comme polymorphismes, 390 CNV de signification clinique inconnue et 108 CNV répertoriés comme pathogènes. La taille des CNV varient de 30 kpb (soit 10 fois la résolution de rendu minimum de l’analyse fixé à 400 kpb) à plusieurs Mpb (résolution cytogénétique).

PHYSIODEV

Réseau et plateforme d'études en traitement du signal des rythmes physiologiques au cours du développement en inter-région grand-ouest
Établissement coordonnateur : CHU de Rennes
Responsable : Pr Patrick PLADYS
Animateur : Alfredo HERNANDEZ - Fabrice TUDORET
Financement : AO GIRCI 2011

L’outil développé par ce réseau est une plateforme d’échange couplé à une banque de données (signaux acquis, annotations, fichiers patients, protocoles)
Elle permet l’anonymisation, le cryptage, la transmission et le stockage sécurisé des données ainsi que quelques éléments de relecture et de re-traitement de signal (mise à disposition d'outils de visualisation, de filtrage et d'analyse en traitement du signal).

Cette infrastructure, nécessaire à des études multicentriques répondant aux contraintes de la recherche clinique, est aussi une base de signaux tests pour le développement de nouveaux outils signal.

Cet outil a notamment été utilisé pour le développement du projet Européen Digi-NewB.

Accéder au site NewB

PPRIGO

Plateforme de Production Pharmaceutique pour la Recherche Institutionnelle du Grand Ouest

Établissement coordonnateur : CHU de Brest

Coordonnateur : Virginie COGULET

Animateur : Nadia FAYAD
Financement : AO GIRCI 2011 et 2015

PPRIGO est une organisation en réseau des pharmacies des CHU membres d’HUGO. Son périmètre d’activité concerne l’ensemble des prestations pharmaceutiques nécessaires dans une étude clinique : recherche et développement autour de la formulation des médicaments ; aide au montage des dossiers d'appels d'offres et d’autorisation (Comité de Protections des Personnes (CPP), ANSM…) ; production, contrôles, mise en insu, étiquetage et conditionnement des médicaments à l’étude ; distribution des unités de traitement dans les centres investigateurs et suivi des réapprovisionnements.
PPRIGO est structuré autour d’un guichet unique (enregistre les demandes de production), d’un comité d’experts multidisciplinaires (évalue les demandes, garantie la qualité et la maîtrise de tous les aspects pharmaceutiques et méthodologiques et aide au montage des dossiers) et de centres de production et de contrôles répartis sur plusieurs sites.

La sollicitation de PPRIGO par les investigateurs et les DRCI a été progressive et croissante, signe que l'offre a libéré le besoin et que le réseau a su y répondre. Des sollicitations nationales sont également croissantes.

REGOVAR

Réseau Grand-Ouest pour l’Interprétation des Variants Génétique Rares
Établissement coordonnateur : CHU Angers
Responsable : Professeur Dominique BONNEAU
Financement : AAP GIRCI 2015

Le séquençage à haut débit est une technique de référence pour l'identification de nouveaux gènes candidats. Le développement d’un logiciel permettra l’analyse des quantités grandissantes de variations génétiques mises en évidence par le séquençage à haut débit. Il s’agit de s’adapter aux besoins spécifiques des équipes de recherche. Le logiciel aura une double utilisation soin/diagnostique et recherche et permettra l’harmonisation des pratiques.

THESAURUS DES APPELS A PROJETS

Thesaurus des appels à projets
Établissement coordonnateur : GIRCI GO
Financement : recurrent

Le Thésaurus des Appels à projets est un annuaire dynamique des financements pour les projets de recherche et des récompenses Le Thésaurus est un outil internet d’accès libre et gratuit.
Simple d’utilisation, il permet d’effectuer des recherches par mots clés ou par filtres domaine de santé, type d’appel à projets, localisation), et d’exporter votre sélection.

En 2018 le Thésaurus a recensé 345 sources de financement comprenant des subventions de recherche, des bourses pour les jeunes chercheurs, des prix, des bourses de mobilité vers l’étranger, du financement de matériel et équipement pour 704 organismes financeurs identifiés. Sa mise à jour est hebdomadaire. Depuis 2012, 32 784 personnes ont utilisé le site.

Initialement porté par le GIRCI Est depuis 2012, ce site répond à une demande de la part des acteurs de la recherche d’avoir une meilleur visibilité sur les différents modes de financement possible. Le Thésaurus fait désormais l’objet d’un partenariat entre les 7 GIRCI du territoire.

Accéder au flyer (PDF)

Recevez notre newsletter
dans votre boite mail